Die Burgkapelle wurde am 29. Juni 1739 vom Passauer Fürstbischof Kardinal Joseph Dominik Graf von Lamberg geweiht und 1783 zur Pfarrkirche erhoben. An Sonn- und Feiertagen feierten die Mönche des Stiftes Engelszell und Kapläne von Gottsdorf die heiligen Messen.
Nach dem Tod des Passauer Bischofs Kard. Firmian kam es zu Ostern 1783 zur Pfarrerhebung. Die Kapelle wurde mit Inventar und Paramenten aus aufgehobenen Klöstern und Kirchen neu ausgestattet. Der marmorne Altartisch stammt aus der St. Barbarakirche in Linz und das Tabernakel aus der St. Franz Xaver-Kapelle des ehemaligen Jesuitenkollegs, dem heutigen Postgebäude in Linz.
1836 erfolgte der Einbau der Breinbauerorgel. Erst 1880 wurden eigene Kirchenglocken angeschafft und in einem Turm über der Sakristei untergebracht. 1909 fand mit dem Einsetzen von zwei Kirchenfenstern aus Kathedralglas der Kapellenausbau seinen Abschluss.
Zum Gottesdienst mussten die Pfarrangehörigen durch den Durchgang unter der Schule und dem Pfarrhof in den Kirchhof gehen. Dieser war nicht wie heute offen und freundlich, sondern durch die erst 1967 abgerissene Zwingermauer donauseits eingeengt und schattig. Links war ein gemeinsamer Eingang zum Schloss und zur Kapelle. Über eine lange hohe Stiege gelangt man in den Kapellenraum, der durch zwei Emporen erweitert war.
